本編の「ストーリーモード」に加えて、2008年に発売されたニンテンドーDSソフト『世界樹の迷宮2』が3DSに「クラシックモード」として登場。DS版を可能な限り引き継ぎつつ、ゲーム性をバージョンアップし生まれ変わった原点を遊びつくそう。
本作では、クラシックモードでもキミが望むならばストーリーで登場した「ギンヌンガ」に挑むことも、新しいモンスターに挑むこともできる。
また、国営料理店・ギルドハウス・グリモアについてもクラシックモードで楽しむことが可能だ。
思いのままにキャラメイクした君だけのパーティーで新しい試練に立ち向かおう。
本作の「ストーリーモード」に登場するアリアンナの職業「プリンセス」「プリンス」が「クラシックモード」に登場。ゲーム開始からキャラメイク可能となっている「クラシックモード」のキャラクターとどう組み合わせるかは君次第だ。